L'Abbazia di Farfa è uno dei monumenti più insigni del Medio Evo europeo; ebbe il patrocinio di Carlo Magno e possedette, nel periodo di massimo splendore, una vastissima porzione dell'Italia Centrale.
L'origine dell'Abbazia è ancora incerta, anche se i più recenti scavi archeologici guidati dal prof. David Whitehouse, direttore della British school di Roma, hanno appurato l'esistenza di un complesso del periodo romano sotto l'attuale Badia. La quasi certa identificazione di Lorenzo Siro con il vescovo di Forum Novum (Vescovio) del 554 accerterebbe la creazione, nel Vl secolo, di un centro fervente di fede e di ricchezza. Al tempo dell'invasione longobarda esisteva una basilica ed alcuni edifici monastici. Secondo una leggenda, nell'ultimo ventennio dei VII secolo, Tommaso di Moriana (o Morienna), che viveva a Gerusalemme, a seguito di una visione della Madonna, esortato a cercare in Sabina, in un detto Acuziano, i resti di una basilica a lei dedicata, riedificò l'opera costruita dal vescovo Siro e diede luogo ad una rifondazione della comunità.
Nei primi anni dell'VIII secolo il monastero godette della protezione del Duca di Spoleto Faroaldo II. Farfa era così un'Abbazia Imperiale, svincolata dal controllo pontificio ma vicinissima alla S. Sede. In pochi decenni diveniva uno dei centri più conosciuti e prestigiosi dell'Europa medievale; Carlo Magno stesso, poche settimane prima di essere incoronato in Campidoglio, visitò l'Abbazia e vi sostò. Per comprendere l'importanza economica di Farfa basti pensare che nel terzo decennio del IX secolo, sotto l'Abbate Ingoaldo, essa possedeva una nave commerciale esentata dai dazi dei porti dell'impero carolingio. Sempre a questo periodo risale l'ampliamento massimo del monastero. La chiesa principale, dedicata alla Vergine, si arricchì di una seconda abside dedicata al Salvatore, con un ciborio tutto d'onice, affiancata da due torri. Nel tesoro abbaziale figuravano, in questi anni, tra l'altro, un cofanetto d'oro purissimo adorno di gemme (dono di Carlo Magno), una croce d'oro con pietre preziose lunga oltre un metro, due croci d'oro con reliquie della Croce, quattordici calici d'argento, due corone d'oro e d'argento e quattro sigilli d'oro. La decadenza dell'Impero carolingio e la penetrazione dei Saraceni furono fatali all'Abbazia. Sette anni resistette l'Abbate Pietro I con le sue milizie e, alla fine, divisi monaci e tesoro in tre parti, abbandonò Farfa. L'Abbazia fu presa e incendiata.
Dei tre gruppi il primo fondò Santa Vittoria di Matenano nelle Marche, il secondo fu trucidato a Rieti dai Saraceni e il terzo, che si era salvato a Roma, passato il pericolo tornò a Farfa sotto la guida di Ratfredo che, divenuto Abbate, nel 913 completò la chiesa. Fu però un fuoco di paglia, perduta la protezione imperiale si allentò l'unità territoriale. Alcune famiglie romane (Crescenzi-Ottaviani e Stefaniani) si insediarono in molti territori dell'Abbazia divenendone di fatto padroni, la decadenza fu tale che si ebbero all'interno dell'Abbazia contemporaneamente tre abbati in lotta tra loro. L'ultima ripresa di Farfa si ebbe per opera dell'Abbate Ugo I (997 - 1038), non a caso con il contemporaneo rilancio imperiale ad opera della dinastia degli Ottoni. Nel 999 fu introdotta la riforma nata a Cluny.
Con Berardo I (1047 - 1089) Farfa riassume i caratteri di Abbazia imperiale e nella lotta per le investiture si schiera contro i Papi e a favore di Enrico IV con la conseguenza che, nel 1097, i monaci decidono, per motivi di sicurezza, di trasferire il complesso abbaziale sul sovrastante monte Acuziano, dove ancora oggi sono visibili le imponenti rovine dell'opera iniziata e mai finita. I possedimenti farfensi di questo periodo sono vastissimi, si possono leggere in un diploma del 1118: l'Imperatore Enrico V riconferma pertinenti all'abbazia le zone di S. Eustachio e Palazzo Madama in Roma, Viterbo, Tarquinia, Orte, Narni, Terni, Spoleto, Assisi, Perugia, Todi, Pisa, Siena, Camerino, Fermo, Ascoli, Senigallia, Osimo, Chieti, Tivoli, il territorio aquilano, il Molise, il porto di Civitavecchia e metà città. La definitiva decadenza inizierà, però di lì a poco: il Concordato di Worms (1122) segnerà, infatti, il passaggio del monastero all'autorità pontificia; con l'Abbate Adenolfo (1125) si sancì ufficialmente la totale sudditanza.
Una fiammata filoimperiale si ebbe nel 1155 al passaggio di Federico Barbarossa. Decadenza economica e crisi monastica aggravarono in modo irreparabile la vita dell'Abbazia e alla metà del XIV secolo si arrivò all'interdizione e alla scomunica dell'Abbate per il mancato pagamento delle decime alla Camera Apostolica Carbone Tomacelli, Cardinal nipote di Bonifacio IX, all'inizio del XV secolo fu il primo Abbate Commendatario. Non tornò certo il prestigio dei secoli passati ma, in alcuni casi, le famiglie nobili che ebbero, con l'istituto di Commenda, il monastero, ne migliorarono le strutture. Gli Orsini nella seconda metà del XV secolo costruirono l'attuale chiesa che fu consacrata nelle 1496; i Barberini riordinarono e ampliarono il borgo, in larga parte utilizzato per le due grandi. fiere del 25 Marzo e dell'8 Settembre, ricorrenze dell'Annunciazione e della Vergine alla quale è dedicata l'Abbazia. Nel 1798 Farfa subì il saccheggio dei Francesi e nel 1861 la confisca da parte dello Stato italiano. Dal 1921 l'Abbazia appartiene alla comunità benedettina di S. Paolo fuori le mura.
